我國的保稅物流制度在不斷完善，從較早的保稅倉庫制度、保稅工廠制度逐漸發展為保稅區管理辦法制度，而后有出現了保稅物流中心，其中深圳保稅物流中心就是較早出現的一批。值得信賴的深圳保稅物流在不斷發展完善，下文主要解讀深圳保稅物流的發展趨勢。
1.提高海關監管效率
在深圳保稅物流項目實行過程中，有時會遇到貨物通關時間較長的問題，根本原因是因為海關的監管效率較低。因此，深圳保稅物流在未來發展中會注重提升海關監管效率。因為海關通常處于繁忙狀態，所以還要從硬件方面解決問題可以從查驗設備、電腦系統、報關手續等環節提升效率，使得通關時間大為縮短。
2.提高保稅物流系統集成性
深圳保稅物流系統集成性不足，會導致企業多頭跑，效率低下且費時費力的局面發生。因此，深圳保稅物流的發展趨勢為以信息化管理為平臺，借鑒先進做法，加強信息資源的共享綜合利用，盡快實現商務、海關、稅務、外匯、檢驗檢疫等部門之間的計算機聯網，真正實行深圳保稅物流電子賬冊和聯網管理。
3.降低物流成本
目前，深圳保稅物流配送中心、集散中心選擇以裝運港附近，一般存在租金高、滿載率低及配送距離不經濟的缺點。深圳保稅物流中心在未來會注重大力發展以第三方物流為主的現代物流，構建集成物流、資金流、信息流的一體化的保稅物流中心，提高物流企業的倉儲、運輸、信息服務的規模經濟。
概括而言，深圳保稅物流的發展趨勢為提高海關監管效率，提高保稅物流系統集成性，降低物流成本。此外，業內較好的深圳保稅物流未來還會以依托保稅區功能優勢，促進保稅物流園區港區合為一體，使得保稅物流運轉高效簡單。